Faire le pas et se lancer à son propre compte conduit très certainement, à un moment ou l’autre, à se poser des questions sur la protection sociale lorsqu’on est auto-entrepreneur. A quelle caisse le micro-entrepreneur doit s’affilier ? Comment payer les cotisations ? Comment sont calculées les indemnités ?
Autant de questions et autant d’informations qui peuvent prêter à confusion. Cet article présente les protections sociales auxquelles les micro-entrepreneurs ont droit.
Qu’est-ce que la Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM) ?
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En France, la Caisse Nationale de l’Assurance Maladie (CNAM) a pour but de gérer les sections du régime général de la Sécurité Sociale qui concernent les maladies et les accidents du travail. Pour réaliser cette mission, la CNAM est répartie sur un réseau comprenant :
- 102 Caisses Primaires d’Assurance Maladie (CPAM) pour les personnes assurées résidant en Métropole
- 4 Caisses Générales de Sécurité Sociale (CGSS) pour les personnes assurées résidant en Martinique, Guadeloupe, Guyane et La Réunion
- 1 Caisse de Sécurité Sociale (CSS) pour les assurés habitant à Mayotte
- 1 Caisse Commune de Sécurité Sociale (CCSS) pour les assurés vivant en Lozère
Les Caisses Primaires d’Assurance Maladie (CPAM) sont donc des caisses régionales qui sont responsables de l’assurance maladie des assurés du régime général de la Sécurité Sociale, dont les micro-entrepreneurs.
De manière globale, les CPAM gèrent, en Métropole, l’assurance maladie des salariés du secteur privé, des travailleurs indépendants et de certaines professions (par exemple, le journaliste professionnel pigiste, l’assistant maternel, l’agent non-titulaire du secteur public).
Les professions qui ne dépendent pas de la CPAM sont, par exemple, les militaires, les professions agricoles, les fonctionnaires titulaires, les agents de la SNCF, de la RATP ou d’EDF.
Les CPAM ont deux missions principales :
- L’assurance maladie : elles garantissent le remboursement des dépenses de santé et l’accès aux soins, et elles garantissent la protection des personnes assurées en ce qui concerne les maladies, la maternité et le décès
- La prise en charge des accidents du travail : comme les CPAM ont aussi la charge de gérer la branche accidents du travail et maladies professionnelles, elles fixent le montant des cotisations pour l’assurance du risque et peuvent accorder les indemnisations liées aux accidents de travail, accidents de trajet ou aux maladies professionnelles
A quelle caisse de Sécurité Sociale se rattacher ?
Le micro-entrepreneur doit se référer à la date de création de son entreprise et du statut de celle-ci afin de savoir à quel organisme d’affiliation se rattacher.
Si la création d’entreprise a eu lieu avant le 1er janvier 2019, l’affiliation se fait à la Caisse Primaire d’Assurance Maladie de la zone de résidence. La couverture maladie ne change pas, que le statut soit celui de micro-entrepreneur, auto-entrepreneur ou cumulé salarié. Il suffit de mettre à jour sa carte vitale.
Si la création d’entreprise a eu lieu en 2020 ou après, le statut entre en jeu. Si les statuts de salarié et d’indépendant sont cumulés, la couverture reste la même qu’avant le cumul des statuts. En revanche, si le statut est uniquement celui d’auto-entrepreneur, l’assuré doit obligatoirement être basculé sur le régime de la CPAM.
La couverture sociale des auto-entrepreneurs était autrefois assurée par le Régime Social des Indépendants (RSI). Cet organisme a été remplacé en 2018 par la Sécurité Sociale des Indépendants (SSI).
La SSI a été rattachée au régime de la Sécurité Sociale et, depuis début 2020, tous les travailleurs indépendants (incluant les micro-entrepreneurs) ont été affiliés au régime général. Ils ne sont cependant pas soumis aux mêmes règles que les salariés pour leurs cotisations et leurs prestations.
L’auto-entrepreneur se tourne donc vers trois organismes : l’URSSAF pour recouvrer ses cotisations, la CPAM pour l’assurance maladie et les accidents du travail, et la CNAV, la CIPAV ou la Carsat pour la retraite.
Comment calculer les cotisations sociales ?
Le montant des cotisations est fonction du chiffre d’affaires hors taxe réalisé par l’indépendant, auquel on applique un taux variable selon l’activité de l’auto-entrepreneur. Depuis le 1er janvier 2026, ce taux est de 21,2% pour les prestations de services commerciales et artisanales (BIC). Il atteint 23,2% pour les professions libérales réglementées affiliées à la Cipav, et 25,6% pour les activités libérales relevant du régime général.
Pour les activités de vente (achat et vente de marchandises, fournitures et denrées, et les prestations d’hébergement), le taux est de 12,3%. Ces taux peuvent être réduits si l’auto-entrepreneur bénéficie de l’ACRE. Cet avantage se réduit toutefois nettement à partir du 1er juillet 2026 : le taux minoré passe de 50% à 75% du taux normal, ce qui diminue d’autant le gain réalisé la première année d’activité.
Au niveau du paiement des cotisations, celles-ci doivent être réglées chaque mois, ou chaque trimestre, lorsque l’auto-entrepreneur fait la déclaration de son chiffre d’affaires en ligne. Toute demande de changement pour le rythme de paiement doit être faite avant le 31 octobre de l’année en cours, et ce changement sera pris en compte à partir de l’année civile suivante.
Les cotisations pour le statut d’auto-entrepreneur doivent malgré tout être payées, même si l’auto-entrepreneur cumule son statut avec celui de salarié et possède déjà une protection sociale en tant que salarié d’entreprise.
Le droit au chômage
Contrairement aux salariés, la cotisation au chômage n’existe pas pour les auto-entrepreneurs. La cessation d’activité professionnelle peut cependant entraîner des problèmes financiers.
La loi Avenir Professionnel, en vigueur depuis le 1er janvier 2019, donne le droit de percevoir un revenu de remplacement si l’auto-entrepreneur répond à des critères précis. L’aide est comprise entre 600 et 800 euros par mois environ (soit entre 19,73 et 26,30 euros par jour), pour 6 mois maximum.
Depuis le 1er avril 2022, l’accès à cette allocation suppose de faire constater par un tiers de confiance, expert-comptable ou personne habilitée d’un réseau consulaire, une baisse d’au moins 30% des revenus déclarés au titre de l’impôt sur le revenu. Cette attestation de non-viabilité conditionne le dépôt du dossier auprès de France Travail, en plus des conditions d’ancienneté et de revenu déjà en vigueur.
En savoir plus sur l’Allocation des Travailleurs Indépendants en cas de perte d’emploi.
Le remboursement des frais de santé
Comme les micro-entrepreneurs appartiennent aussi au régime général, ils bénéficient des mêmes droits et prises en charge pour les frais de santé que les salariés. La prise en charge par l’Assurance maladie est identique pour tous les postes de dépenses :
- Les consultations médicales
- Les médicaments et les appareils médicaux
- Les examens et les analyses de laboratoire
- L’hospitalisation et la chirurgie
- Les équipements dentaires, auditifs et optiques
Cette prise en charge n’est cependant jamais totale. Une participation forfaitaire de 2 euros reste due sur chaque consultation médicale ou analyse de biologie, et une franchise s’applique sur les boîtes de médicaments, les actes paramédicaux et les transports sanitaires. Ces retenues sont aujourd’hui plafonnées à 50 euros par an chacune, mais ce plafond doit doubler pour atteindre 100 euros chacun, soit 200 euros au total, à partir d’octobre 2026, selon l’annonce faite en juillet 2026 par le ministère de la Santé.
Par contre, les auto-entrepreneurs ne sont pas couverts par la mutuelle collective d’entreprise. Sous cette mutuelle, au moins 50% des coûts sont pris en charge par l’employeur. Souscrire une complémentaire santé pour auto-entrepreneur reste donc conseillé pour bénéficier d’un meilleur remboursement.
La prise en charge des accidents et maladies du travail
En cas d’arrêt de travail, le délai de carence avant le versement des indemnités a été ramené à 3 jours pour les travailleurs indépendants. Passé ce délai, le versement dépend toujours du profil de l’auto-entrepreneur : artisan et commerçant, ou profession libérale.
Pour percevoir des indemnités, les artisans et les commerçants doivent être en activité lors de l’arrêt de travail, être à jour dans le paiement de leurs cotisations, être couverts depuis plus d’une année et démontrer un revenu annuel (correspondant au chiffre d’affaires avec abattement forfaitaire de 71% pour les commerçants et de 50% pour les prestataires de service) d’environ 4 800 euros au minimum. Ce seuil correspond à 10% du plafond annuel de la Sécurité sociale et il est révisé chaque année.
Si ces critères sont remplis, le calcul des indemnités se base sur le revenu annuel des 3 années précédentes. En 2026, l’indemnité journalière est comprise entre environ 6,58 et 65,84 euros, ce plafond correspondant à 1/730e du plafond annuel de la Sécurité sociale.
Pour les professions libérales, les règles ont changé depuis la réforme entrée en vigueur le 1er juillet 2021 : les professionnels affiliés à la Cipav bénéficient désormais eux aussi d’indemnités journalières, à partir du 4e jour d’arrêt et jusqu’à 87 jours par incapacité, quelle que soit la date de création de leur activité. Les libéraux non réglementés affiliés à la Cipav pouvaient par ailleurs rejoindre la SSI pour bénéficier plus largement des règles générales des indépendants. Cette option s’est refermée le 31 décembre 2023.
Comme pour la mutuelle, souscrire une assurance prévoyance reste vivement recommandé pour compléter ses revenus en cas d’accident ou d’arrêt maladie.
Le congé maternité
Pour pouvoir bénéficier des indemnités liées au congé maternité, l’auto-entrepreneur doit réaliser un chiffre d’affaires annuel suffisant après abattement, être à jour dans le paiement de ses cotisations et être affilié à la SSI ou à la Cipav depuis 6 mois minimum à la date présumée de l’accouchement.
Si le chiffre d’affaires réalisé est inférieur au seuil requis (environ 4 582 euros de revenu annuel moyen en 2026), un plafond de 10% du montant initialement versé sera applicable. Les auto-entrepreneures enceintes peuvent bénéficier de deux allocations distinctes, avec un arrêt de travail de 56 jours consécutifs au minimum :
- L’indemnité journalière forfaitaire d’interruption d’activité : c’est le manque à gagner dû à l’interruption obligatoire de l’activité professionnelle. Elle atteint jusqu’à 65,84 euros par jour en 2026, de 56 à 112 jours d’arrêt suite à la naissance (6 semaines avant la naissance et 10 semaines après) et jusqu’à 86 jours pour une adoption d’enfant.
- L’allocation forfaitaire de repos maternel : cette indemnité, indexée sur le plafond mensuel de la Sécurité sociale et fixée à 4 005 euros en 2026, est versée en deux fois, à partir du huitième mois de grossesse et après l’accouchement.
Le congé paternité
Pour toucher cette indemnité, le micro-entrepreneur doit justifier de 6 mois d’affiliation à la SSI ou à la CIPAV à la date de l’accouchement, et arrêter son activité professionnelle dans les 4 mois suivant l’accouchement. Il lui est accordé 25 jours de congé.
Dans les cas de naissances multiples, le congé accordé est de 32 jours. L’indemnité journalière atteint jusqu’à 65,84 euros par jour en 2026 si le revenu annuel moyen des trois dernières années dépasse environ 4 600 euros, soit un total maximal d’environ 1 646 euros sur 25 jours. En dessous de ce seuil, le montant tombe à environ 6,58 euros par jour, soit 10% de l’indemnité pleine.
A lire également : Micro-entrepreneur : quels sont vos droits en cas de congé suite à une naissance ?
La retraite
Tout comme pour les salariés, les travailleurs indépendants valident des trimestres s’ils réalisent un chiffre d’affaires minimum. Le calcul des droits à la retraite dépend des cotisations sociales versées au cours des années d’activité.
Les mêmes règles s’appliquent pour le calcul de la retraite complémentaire, sauf que le fonctionnement se fait sous forme de points. Il est possible de cumuler les droits des deux statuts (salarié et indépendant) dans la limite de 4 trimestres par an. Pour valider 4 trimestres en 2026, il faut déclarer les chiffres d’affaires annuels suivants :
- Vente de marchandises et hébergement (BIC) : 24 579 euros
- Prestations de services commerciales et artisanales (BIC) : 14 256 euros
- Activités libérales non réglementées et prestations de services (BNC, régime général) : 10 800 euros
- Activités libérales réglementées affiliées à la Cipav : 10 776 euros
Ces seuils sont révisés chaque année en fonction du Smic, la valeur d’un trimestre correspondant à 150 heures de Smic horaire. Un plan d’épargne retraite individuel permet de mieux compenser des pensions souvent modestes sous ce régime, un complément à envisager sérieusement.
Le décès ou l’invalidité
En cas d’invalidité empêchant l’auto-entrepreneur d’exercer son activité, une pension lui est versée. Si le micro-entrepreneur décède avant la fin de son activité professionnelle, un capital décès est versé à ses proches.
Les activités libérales réglementées sont régies par la CIPAV, tandis que la SSI s’occupe des artisans, des commerçants et des professions libérales non réglementées. La sécurité sociale pour les auto-entrepreneurs ne couvre cependant pas toujours l’intégralité de ces situations. Une assurance privée reste souvent nécessaire pour bénéficier d’une couverture totale.
Les allocations familiales
Ces prestations ne dépendent pas du statut professionnel de l’auto-entrepreneur, mais des ressources et de la composition du foyer. Elles sont réservées aux familles ayant au moins deux enfants de moins de 20 ans à charge, résidant en France, quelle que soit la nationalité du parent, sous réserve de justifier d’un titre de séjour régulier pour les ressortissants étrangers hors Union européenne.
Dans ce cas, la sécurité sociale des micro-entrepreneurs répond aux mêmes conditions que celles des salariés.
Que faire lorsqu’on réalise de faibles revenus ?
Comme expliqué dans cet article, le versement de certaines indemnités se fait à condition de réaliser un chiffre d’affaires minimal. Mais que se passe-t-il lorsque le revenu de l’auto-entrepreneur n’atteint pas le seuil fixé ?
Afin de ne pas être pénalisé, l’auto-entrepreneur peut demander à payer un montant minimum défini pour accéder totalement aux droits sociaux liés à son activité, même s’il ne réalise aucun chiffre d’affaires.
Pour cela, il doit contacter la SSI durant les 3 premiers mois suivant la création de l’entreprise, ou avant le 31 octobre lorsque les cotisations sont effectives à partir de l’année civile suivante.